Dalam kehidupan berkeluarga, Anwar Iskandar menikah pertama pada tahun 1975. Pada saat itu beliau dinikahkan oleh KH Mahrus Ali dengan seorang wanita asal Jamsaren Kediri bernama Nyai Qoni’atus Zahro, putri dari pengasuh Pondok Pesantren Assa'idiyah Jamsaren, yaitu Kyai Sa'id. Dari pernikahan pertama ini KH Muh. Anwar Iskandar dikaruniai satu putra dan lima putri.
Pada tahun 1990, Anwar Iskandar menikah kedua kalinya dengan ibu Nyai Hj. Yayan Handayani dari Bogor yang hingga sekarang mendiami pondok pesantren Al-Amin. Dari pernikahan ini beliau dikaruniai tiga putra dan satu putri.
Itulah profil lengkap KH Anwar Iskandar yang ditetapkan sebagai Ketua Umum MUI.
Editor : Miftahudin
Artikel Terkait